El convento de los mínimos de Alcalá pertenecía a la Provincia monástica de Castilla. Los mínimos tuvieron desde 1553 una primera demora en Alcalá de Henares, el Colegio de Nuestra Señora de la Victoria, junto a la Universidad; adolecía de una gran falta de recursos. En 1578 por medio de Bartolomé de Santoyo, de la Cámara del Rey, y su esposa Ana de Ondegardo y Zárate, obtuvieron una antigua casa de las Carmelitas Descalzas de la Concepción. Se tomó posesión el 18 de julio de 1578 siendo Provincial de Castilla el Padre Hipólito Serrano. En el Capítulo General de 1578 celebrado en Aviñón fue aceptado el convento complutense, intitulado a Santa Ana, y los pactos efectuados con los fundadores mencionados. La iglesia empezó a construirse en 1580, concluyéndose en 1593. En 1599 en tiempos de peste la villa votó fiesta anual a Santa Ana. Montoya, que dice que el número de conventuales era de unos treinta, señala cómo en su tiempo se impartían en el Colegio dos lecciones de teología, aunque los coristas acudían también a la Universidad. En 1635 el Capítulo General celebrado en Marsella reconoció como fundadora a Isabel de Mújica, esposa de Francisco de Santoyo.
Tras la exclaustración, y después de tener usos de Hospital y Farmacia Militar, finalmente iglesia y convento quedaron integrados dentro de la Universidad de Alcalá, estableciéndose en ellos la Faculta de Ciencias Económicas y Empresariales.
