La fundación del convento mínimo de Messina, intitulado del Santo Sepulcro aunque también de Jesús-María, se remonta a 1503 cuando San Francisco de Paula envió desde Francia al religioso fray Pietro de Messina. Este obtuvo de la Cofradía de Disciplinantes la concesión de la Iglesia de Nuestra Señora del Santo Sepulcro, así como la aprobación del Arzobispo de Messina Pietro Belgrado, por lo que en el verano de 1503 los mínimos pudieron tomar posesión del lugar. sin embargo, en 1507 surgieron dificultades legales, al resultar que el lugar donde se hallaba el templo pertenecía a la jurisdicción del Obispado de Monreale. Se vencieron estos contratiempos obteniendo la correspondiente aprobación y también , hacia 1520, las dificultades que ponían los Priores del Santo Sepulcro. Con la presencia de los religiosos fue aumentando a lo largo de los años la devoción de los habitantes de Messina hacia San Francisco de Paula.
Tras la supresión de los regulares, el convento fue cuartel de Carabinieri, pero quedó, junto con la iglesia, arruinado en su mayor parte como consecuencia del terremoto de 1908.
La iglesia fue reconstruida en 1930, albergando la Parroquia de Santa María del Arco.