Perteneciente a la Provincia monástica mínima del Condado de Borgoña. Los mínimos fueron recibidos en la villa de Arbois hacia 1621. Uno de ellos se encargaba de enseñar filosofía a los jóvenes de la población (entre sus alumnos, tuvieron al futuro General Pichegru), en tanto que los demás se daban a la predicación sea en Adviento y Cuaresma, sea también a través de misiones populares. En 1637 se les confía la capellanía de Notre-Dame de l'Hermitage hasta 1644. En 1657 habitaban el convento 4 acerdotes, 2 hermanos y 1 criado. En 1768 contaba con 10 religiosos y 2.467 libras de renta. En 1770, al cerrarse el convento de Arlay, se traspasaron sus bienes a este de Arbois. El convento de Arbois fue vendido en septiembre de 1791 al municipio por 18.980 francos en assignats. Actualmente en su emplazamiento hay un establecimiento de hostelería.