En 1518 la Maestranza de "Sartori" de Palermo hizo cesión de uso a los Mínimos de la antigua iglesia dedicada a Santa Oliva. En marzo de 1523 Clemente VII confirmó con breve apostólico esta cesión. Por un rescrito de 7 de enero de 1524 el mismo Papa permitía a los religiosos mínimos que, de hallar los restos de la mártir Santa Oliva, los pudieran, sin necesidad de ulterior permiso, colocar en la iglesia y exponerlos a la pública veneración. Los trabajos de construcción de nueva iglesia y convento se iniciaron pronto, con el apoyo del Virrey Ettore Pignatelli y de los patricios palermitanos. Ettore Pignatelli había sido prisionero de Carlos VIII y había conocido personalmente a San Francisco de Paula, quien le había profetizado que pronto quedaría libre y que sería Virrey de Sicilia en el futuro. Santa Oliva se habría aparecido varias veces a frailes y moradores o trabajadores del convento.
El convento estaba intitulado a Jesús-María, aunque fue conocido vulgarmente como de Santa Oliva. Montoya dice que tenía capacidad para 80 religiosos y 20 estudiantes, ya que fue Colegio con Lectores de Artes y Teología. Inicialmente perteneciente a la Provincia de Sicilia; en 1596, al producirse la división de la misma, quedó como cabeza de la Provincia de Palermo. En 1725 fue proclamado San Francisco de Paula como copatrón de la ciudad y en 1738 patrón principal del Reino. En 1755 se amplió el convento con la construcción de un segundo claustro. La biblioteca conventual llegó a contener 16.000 volúmenes (con la supresión fue incorporada a la Biblioteca Municipal). Ya en 1830 el segundo claustro fue destinado a aljamiento de tropas. En 1846 habitaban el convento 56 religiosos. Tras la supresión de 1870 el convento fue destinado a cuartel, aunque la iglesia siguió siendo oficiada por el Padre Pietro Rampello. Los mínimos volvieron a tomar posesión de la iglesia el 1 de marzo de 1905, siendo Vicario General para Sicilia el Padre Roberti, quien dejó como Vicario Corrector al Padre Salvatore Mangiacapra. El 28 de marzo de 1945 fue erigida la Parroquia de San Francisco de Paula, con encargo de regirla a los mínimos. Fue nombrado como primer párroco el Padre Giorgio Ascoli.
En la actualidad el convento forma parte de la Provincia de Nuestra Señora de la Stella.
