El Vicario General P. François Richard presentó una petición al Príncipe elector Maximiliano para la fundación de un convento en Baviera. Se convino en otorgarles (a los Mínimos) la iglesia de San Carlos Borromeo en el barrio de Neudeck. Obtenida la autorización del Obispo de Freising, los mínimos entraron en posesión de una casa para morada el 28 de junio de 1628; en 24 de julio de 1628 les fue dada la posesión de la iglesia. Sin embargo, la entrega del inventario de la iglesia no tuvo lugar hasta el 4 de febrero de 1629. Fue el primer Corrector el Padre Antoine Pillot. En 1631 recibieron del Príncipe elector una pequeña biblioteca de obras teológicas. Fomentaron el culto de una estatua milagrosa de la Virgen y también el de San Francisco de Paula, en cuya fiesta solemne tenía lugar una tradicional bendición de candelas. En 1633 contaron con la importante donación de la viuda Lerchl que incluía la "Bierbrauer" (cervecería) Lerchl. Más tarde, obtuvieron el apoyo de Henriette Adelaide, esposa del Príncipe elector Fernando María. Gracias al terreno que este les concedió, en 1668 pudieron emprender la edificación de un nuevo convento, ya que el que hasta entonces habían habitado resultaba escaso de espacio. Entre los religiosos que habitaron este convento, cabe mencionar al docto Sigmund Kracher, al filósofo Antonius Mandl, al teólogo Balthasar Offner y al pedagogo Claude Haagen.
Cuando se disolvió la Provincia germano-bohema, en 1781 el Corrector General nombró al Padre Mauritius Lohr Vicario Genera para Baviera y éste a los Correctores de Munich (Padre Cosmas) y Amberg (Padre Antonin). Sin embargo, las disensiones internas y la consideración de los superiores como impuestos desde fuera, condujeron, junto con la reticencia a la observancia de la vida cuaresmal, a la intervención de la autoridad civil, que depuso de su oficio al Vicario General Lohr. Finalmente, se nombró como Vicario General al Padre Cyriacus Lukas (nombramiento confirmado por el Corrector General en septiembre de 1785). Le sucedió el electo Padre Didacus Steiner que tuvo como Colegas a los Padres Aloisius Ernst y Cosmas Seidenthal. Fue un período difícil para los conventos bávaros. Negligencias en las misas, poca frecuencia del rezo coral, juegos de azar, día y noche el convento frecuentado por personas ajenas, dispensas irregulares de la vida cuaresmal. Finalmente, a pesar de contar con valedores como Kaspar Van Lippert, el descrédito llegó a tal punto que los dos conventos fueron suprimidos en 1799.