En la ermita iglesia de San Sebastián, que pertenecía al monasterio de San Jerónimo de la Murta, quiso la Infanta Julia de Aragón que se fundase convento de los mínimos, para lo cual procuró la adquisición del sitio al monasterio antedicho y firmó en julio de 1535 Capítulos de fundación con el Provincial de los Mínimos (fray Jerónimo Santaella). Tomaron posesión del lugar el 24 de octubre de 1535. Se consiguió la autorización del Papa el 10 de enero de 1536 y el 29 de mayo del mismo año el General de la Orden de San Jerónimo otorgó la escritura de venta que aceptaron el Provincial (que era entonces el padre Alfonso del Águila) y otros nueve religiosos (entre ellos fray Bernardo de Pavía que fue el primer Corrector). En 1537, 1554, 1586 y 1587 los mínimos hicieron nuevas adquisiciones de casas y terrenos colindantes. En el Capítulo General de 1617, a causa de las donaciones efectuadas para la construcción del claustro y del altar de santa María de la Victoria, así como de la dotación de una renta anual, fue reconocidos títulos de fundadores a Gaspar Salvador y a su esposa. El convento de San Sebastián fue cabeza de la Provincia de Valencia, sede de siete Capítulos Generales de la Orden y casa de estudios. En este convento vivió y murió el Beato Gaspar de Bono. En 1667 se redujo, por su misérrima situación, a Vicariato, siendo rehabilitado a Correctorado en el Capítulo de 1673. El Capítulo General de 1728 declaró benefactores del convento, a causa de las abundantes limosnas otorgadas al mismo, a José de Cardona y Pertusa, marqués de Nules, y a la baronesa de Lisola; en el de 1734, por las limosnas copiosas entregadas para la edificación de la iglesia conventual (efectuada entre 1726 y 1739), se declaró benefactor insigne a Jacinto Forner Sans de la Llosa, barón de Cota; finalmente, también se consideró fundador en el Capítulo de 1758 a José Barberá Concha de las Cuevas y Aringues. En 1778 el arzobispo Fabián y Fuero dice que este convento mantiene más de 70 religiosos y denuncia la deficiente vida común y las frecuentes discordias internas. Tras la exclaustración el convento fue derribado, en tanto que la iglesia fue constituida en 1902 como parroquia de San Miguel y San Sebastián.
